A nagy kérdés, hogy vajon az evolúcióelmélet segítségével meg lehet-e a magyarázni a molekuláris gépezetek létrejöttét. Darwin feltételezése szerint az élővilágban minden fokozatosan, apró lépések sorozatával jött létre. Ő azonban annak idején nem láthatott bele a sejtek belsejébe, mert még nem léteztek erre alkalmas mikroszkópok. A sejteken belül létező, fehérjemolekulákból felépülő gépezetek sokak szerint nem jöhettek létre fokozatos evolúcióval, mert ha bármelyik "alkatrész" hiányozna belőlük, akkor működésképtelenek lennének. Vagyis nem lehet elképzelni előző állapotokat. Úgy tűnik, hogy ezeket a parányi masinákat készre tervezték. Ez a felismerés robbantotta ki újra az evolúció kontra tervezettség vitát.